A localidade pertence ao clima temperado úmido da cordilheira patagônica, com freqüente neve no inverno e chuvas no início da primavera e no final do outono. O reparo dos morros e a proximidade dos lagos determinam um clima especial.

Com ventos do Pacífico, chuvas que chegam aos 4.000 milímetros anuais na zona limite internacional e apenas 400 milímetros na nascente do rio Limay, a 60 quilômetros de Villa la Angostura.

Durante os meses de maio e junho acontecem às principais chuvas e as primeiras neves que se intensificam em julho e agosto.

A temperatura média anual atinge +9 graus centígrados com máximas de 30 graus centígrados no verão e até -15 graus centígrados no inverno.